解忧小工具｜让HPA验证你的结论，生信文章好帮手

大家在阅读文献的时候，有没有发现，一些偏生信分析的文章，研究方法里没有写免疫组化的相关实验材料及信息，结果里却又有很好的免疫组化蛋白验证，作者通过免疫组化实验验证蛋白的表达水平，瞬间提升文章质量。

下面，就让小编来给大家介绍一下如何使用上篇文章我们介绍的HPA数据库免疫组化信息，来提升文章质量。跟着小编的节奏，我们看一下下面这篇文章是如何充分利用HPA数据库的吧。

文章题目：“Protein Arginine Methyltransferases Refine the Classification of Clear Cell Renal Cell Carcinoma with Distinct Prognosis and Tumor Microenvironment Characteristics”

杂志：International Journal of Biological Sciences

影响因子：IF=9.2

发表时间：2023年8月

文章对来自TCGA、CPTAC、EMBL和ICGC数据库的763例肾透明细胞癌ccRCC样本中8种蛋白精氨酸甲基转移酶（PRMTs）的表达水平的分析，根据分析结果，研究提出了PRMT5可能在ccRCC中发挥抗癌功能的假设。然后基于HPA数据库证实了PRMT5在肾癌蛋白水平中下调。

那文章是怎么选择图片的呢？

跟着小编的节奏，我们复现一下文献中的HPA数据库操作及IHC免疫组化图片的选择。首先，我们打开HPA数据库（https://www.proteinatlas.org/）。

我们在搜索栏输入我们要查找的基因/蛋白“PRMT5”。

文章中的Normal组织选择要在“Tissue”栏的免疫组化图进行选择，文章中的Cancer组织要在“Pathology”栏的免疫组化图进行选择。

首先，我们选择“Tissue”栏，选择肾脏组织。

记住抗体编号，然后选择我们需要的免疫组化图，文章中选择的免疫组化图就是小编圈选的三个。我们选择的时候可以根据自己的分析情况，选择合适的免疫组化图，点进去进行原图的下载。

之后，我们选择“Pathology”栏，选择肾癌。记住对应的抗体编号（肿瘤组织和正常组织要在同一抗体下才能进行比较），然后选择我们需要的免疫组化图，文章中选择的免疫组化图就是小编圈选的三个。

下载好原图后，我们打开Photoshop进行图像的处理。

1、首先，我们新建一个300 dpi的背景。

2、之后我们打开下载的HPA免疫组化图像，将图层移到新建的背景中。

3、Ctrl+T对图像进行缩放，选择合适的大小。

4、选中图层1，Ctrl+J快捷键复制图层。

5、选择复制的图像 (图层2)，按Crtl+T调整到合适的大小 (根据想要放大的细节的区域进行调整，小编觉得35%-45%之间效果比较好)，记住缩放比例。

6、按住Ctrl键，点击鼠标左键选择图层2 (选中的图层边缘会出现闪动的虚线框)，设置前景色为黑色，按住Alt+Delete，并将不透明度调整为50%（此时黑色区域会变浅，才说明调整成功）。

7、将半透明的黑色区域拖动到图层1中想要放大细节的位置。

8、复制图层1，然后在图层1的副本上，将灰色区域拖动出来，即为细节放大图。

9、同时选中图层1和图层2，按照步骤3中的缩放比例，把这两个图层也进行同比例的缩小，并拖动至合适的位置。

10、在图层1副本中删掉多余部分，只保留下图显示内容。

11、先选中图层2，把不透明度还原成100%，然后按住Ctrl键同时鼠标左键点击图层2，再次选中黑色区域。

12、选中黑色区域后，点击工具栏中的选择-修改里面的收缩，然后进行收缩量的设置。一般设置为2比较合适，也可根据自己需求进行调整。

13、设置好收缩量后，按Delete，然后Ctrl+D退出区域选择，即可得到被标记的细节区域。

14、最后选择直线工具，把细节的标记区域和细节放大图进行连接。

15、保存图片即可，得到像文章中的图片了。

好了，今天的分享就到这里啦，如果有什么疑问可以留言咨询。